Ο ναός του Αγίου Στεφάνου είναι κτισμένος επάνω σε σημαντικές αρχαιότητες ανεκτίμητης ιστορικής αξίας, οι οποίες είναι στο μεγαλύτερό τους μέρος ορατές.
Το βράδυ της 5ης Σεπτεμβρίου του 2005 μια μεγάλη πυρκαγιά, τον κατέστρεψε σχεδόν ολοκληρωτικά.
Κατά τη διάρκεια των εργασιών ανακατασκευής, διαπιστώθηκε η ύπαρξη τριών παλαιότερων κτιρίων: μίας μεγάλης τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής που χρονολογείται γύρω στο 400, ενός μικρού μονόχωρου βυζαντινού ναού του 10ου -11ου αιώνα κι ενός μεγάλου ορθογώνιου μεταβυζαντινού οικοδομήματος χωρίς κόγχη του 16ου -17ου αιώνα. Επίσης ανακαλύφθηκαν πολλά ευρήματα της παλαιοχριστιανικής εποχής έως και την περίοδο της τουρκοκρατίας: πήλινα, μαρμάρινα, γυάλινα και μεταλλικά αντικείμενα, κονιάματα και τοιχογραφίες.
Βρέθηκαν ακόμα, δεκαπέντε ταφές, κάποιες από τις οποίες είναι από την παλαιοχριστιανική εποχή και άλλες από τον 16ο αιώνα μ.Χ. Έτσι, λόγω των εργασιών ανακατασκευής, ανακαλύφθηκε πως η περιοχή και συγκεκριμένα η θέση που βρίσκεται σήμερα ο ναός, κατοικείται από την παλαιοχριστιανική εποχή.
Ο γνωστός για το γυάλινο δάπεδό του ναός του Αγίου Στεφάνου Αρναίας αποκαλύπτει τα μυστικά του στις επισκέψεις για το κοινό, που διοργανώνει το φετινό καλοκαίρι η Εφορεία Αρχαιοτήτων Χαλκιδικής και Αγίου Όρους.
Πηγή: enikos.gr